Im Naturkosthandel bieten rund ein Dutzend Hersteller über 30 verschiedene Pestosorten an. „Die Grüne“ darf dabei nicht fehlen, sie ist in allen Sortimenten die am meisten verkaufte und trägt Namen wie Pesto Traditionale, Pesto Ligure, Pesto (alla) Genovese oder Pesto verde. Die handwerkliche Herstellung nach überlieferter Rezeptur pflegen besonders die kleinen ligurischen Familienbetriebe. Manche dieser Manufakturen geben das Rezept für den Pesto Genovese von Generation zu Generation weiter. Oftmals stammt das kaltgepresste Olivenöl von der eigenen Ölmühle oder der Kooperative im Ort.Das Basilikum wird entweder frisch vom Feld verarbeitet – dann ist die Pesto-Menge limitiert. Das heißt, es wird nur so viel hergestellt, wie die hofeigenen Basilikumfelder hergeben. Oder der Hersteller kauft Basilikum zu, um eine Produktion rund ums Jahr zu sichern. Die Kräuter werden entweder eingefroren oder ganz traditionell mit Salz in großen Fässern bis zur Verarbeitung eingelagert. Augenfälligster Unterschied der Pesto-Sorten im Naturkosthandel ist deren Platzierung: Während die meisten Pestos im Trockensortiment neben Nudeln und Tomatensoße stehen, finden sich auch einige in der Frischetheke. Die ungekühlten Pestos werden durch Pasteurisieren lagerfähig, die aus dem Kühlregal sind natürlich nicht wärmebehandelt. Auf letztere hat sich vor allem ein deutscher Anbieter spezialisiert. Einzig eine Sorte italienischer Pesto ist ansonsten noch dort zu finden.